De kosten per CF-patiënt zijn hoog. Helaas zijn er geen recente cijfers over kosten van de zorg van de CF-patiënt. Uit kleinschalige berekeningen van ziekenhuizen blijkt wel dat de totale ziekenhuisgebonden meerkosten voor CF gemiddeld tussen de 6.000 en 7.000 euro per patiënt meer per jaar is ten opzichte van een gemiddelde patiënt
De hogere kosten voor de behandeling van CF patiënten komen onder meer voort uit de frequente ziekenhuisopnamen, dure medicatie en door de geavanceerde diagnostische en behandelingsfaciliteiten. Hoe verder de longafwijkingen bij de patiënt zijn voortgeschreden, des te frequenter zijn er ziekenhuisopnamen nodig. In verband met het infectiegevaar voor anderen enerzijds en de noodzakelijke rust en privacy anderzijds verblijven CF-patiënten vaak op een éénpersoonskamer in het ziekenhuis. Dit beleid gaat eens te meer gelden nu onderzoeken hebben aangetoond dat segregatie van patiënten die chronisch geïnfecteerd zijn met Pseudomonas aeruginosa, noodzakelijk is. De verwachting is dat de kosten per patiënt nog verder zullen toenemen doordat de behandeling intensiever wordt en teambenadering meer nadruk krijgt. De medicatiekosten voor antibiotica nemen toe doordat in het algemeen de therapieën agressiever en langduriger worden.